ディレクトリそのまま置いてないの？ってことでしょ
デフォでやったらサイト部はhtml　データ部はdataってことでしょ
変えてるに決まってるし、マニュアルでもルートに展開って書いてるし
そのままやってるやつはいないよ。
ただEC-CUBEの場合専用鯖用に作られてるからコマンド展開だから
作っておくか、展開の仕方を変えないとだめだよな。
でも、大抵FTPあぷなんだけどな。