jQueryでいいと思うよ。
というか、prototype.jsとの2択しか無い気がするが。
勉強するんだったら、このどっちかにしとくべき。
結局は、オープン系は何を使うにも主流どこに乗っとかないと
後々面倒だよ。スクラッチで作れるだけの力が無いのであれば。