うちでは、まず application/helpers/database_helper.php として↓を用意して

class SafeMarker {
  private $_str;
  public function __construct($str) { $this->_str = $str; }
  public function __toString() { return $this->_str; }
}
function mark_as_safe($str) {
  return new SafeMarker($str);
}

モデルの中でこんな感じで使ってますよ

$this->load->helper('database');
$this->db->set('foo', $bar);
$this->db->set('created_at', mark_as_safe('NOW()'));
$this->db->insert('mytable');

CI_DB_driver#escape を読むとわかるけど、gettype で 'string' でも 'boolean' でも
NULL でもない値はスルーしてくれるので、オブジェクトでラップすると通る。
ただし __toString はPHP5からかな。
一種のhackなので、NOW()みたいな安全だとわかっているものにしか使いませんが。