>>767
マスターページは共通部分を開発上は分離して、実行する際には一つに
結合してくれると言う機能なので最終的なHTMLの分割とは切り離して考
えてください。

で、「それぞれ独自にスライドをさせる事が出来る」事を目的とした場合、
マスターページにもASP.NETのコントロールと言うよりも静的なHTMLで
どの様に実現するかが重要

分割した各画面の更新等も独立したければ「(i)frame」、
表示上だけなんとか独立したいのであれば、「疑似フレーム」や
contentplaceholderを囲む「CSSのoverflow」で対応できるかもしれません。