>>939
バグとか以前に作り方が意味不明すぎるんだけど、
なんでわざわざ配列を１行に連結した挙句にまた配列に分解してるの？

で、消える理由だけど、データに空行が入ってて空っぽのデータがあるだけ。
それがソートされた際に先頭に出てきたり末尾に出てきたりする。
また、実際にデータが消えているわけじゃなく、本当は8件でなく9件あるのに
頭8件しか表示してないせいで後ろがちょんぎれてるだけ。
最後の表示部分は
for($i = 0; $i <= $count; $i++){
print "old_files[$i] = <!---->$old_files[$i]<!----><br><br>";
}
となってて$countの数だけ表示してるけど、この$countって
$files = file($file);
$count = count($files);
この段階で取得しちゃってて、その後ろの
// 現在のデータを足す
$old_files .= $add_data."\n";
ってのを含んでいないから。