GPLの内容を把握した上で、OpenPNEの商用ライセンスの妥当性について、正確な議論ができますね。
GPLの理解、解釈が間違っていれば、具体的にどこが間違っているか、正と誤をセットでご指摘ください。

今までのコメントを参考にすると、
・OpenPNEで、使用している一部のプログラム＝Magpie（RSSを処理する機能）等にGPLが適用されており、そのためOpenPNE全体にGPLが伝染する。
・OpnePNE全体に伝染したGPLと、手嶋屋さんが設定した商用ライセンスの内容がバッティングする。
＝具体的には、商用ライセンスを購入すると、(A)手嶋屋さんが開発したオリジナル部分を改造しても、その
改造結果を公開しなくてもOKと規定しているが、これはGPLのルールに反すると。

GPLに違反しているというのは、上記の内容・認識でOKでしょうか？