>ウェブサイトのHTMLからサーバサイドのDLLを直指定してメソッドを呼び出す
確かに、この時点で勘違いしてる気がするね。

embedしたActiveX Objectやらappletやらを呼び出すのか、それとも、サーバ側のDLLを直接呼び出せるとでも思ってるのか、そこをはっきりしたほうがいい