すみません自己解決してしまいました。

cssファイルには、
<!--#exec cgi="hoge.cgi"-->
と記述すればよかったようです。

さっきそれでダメだったのは、
鯖のmimeタイプにcssがtext/plainってなっていたからのようです。
htmlファイル、cgiのcontent-type、さらに鯖のMIMEタイプを
どれもtext/cssで統一したらうまくできました。

梨さんがtext/cssじゃだめ？って言ったのは
そういう意味だったのですね。ありがとうございました。
どうも私はMIMEに関する理解が足りないようです。

やったーこれで完全サーバサイドのCSS振り分けが完成しそうです。
ありがとうございました。