補足しておきます。

====hoge.html====
<html>
　<head>
　　<title>hoge</title>
　　<link rel="stylesheet" type="text/css" href="hoge.css">
　</head>
　<body>
　　<h1>hoge</h1>
　</body>
</html>

====hoge.css====
（ここにhoge.cgiをSSIで埋め込みたい）

====hoge.cgi====
#! /usr/bin/perl
print "Content-Type: text/plain\n\n";
print "h1{color:red;}\n";

この３ファイルがあったときに、hoge.htmlを開くと赤い字でhogeと出れば成功です。
ちなみに、hoge.htmlの<link>のところのファイル名をhoge.cgiとすると成功します。
が、それではスタイルシートの変わりにcgiを呼んでいることがバレてしまいよろしくないんです。
また、htaccessでhoge.cssをhoge.cgiにリダイレクトさせても成功したのですが、
それでもhttpヘッダを見るとやはりリダイレクトしてることがバレてしまいます。
まあ普通はバレないとは思うのですが、SSIを使ってCSSの中に埋め込むことが出来れば完全に隠蔽できるのでぜひそうしたいのです。

難しい説明もがんばって理解しようと思いますので、どうかよろしくお願いします。