物凄く厨な質問で申し訳ないのですが・・・
Win用Apacheを使っているのですが、FTPでパーミッションの変更ができません・・・
いろいろ調べてみると、Win用のApacheではパーミッションという概念がないようです。
Win用Apacheをお使いの方は、cgi-bin等のディレクトリはどうしてますか?