UbuntuをUSB起動で使用する場合
インストールして使用するタイプのソフトウェアは、
Ubuntuの入っているUSBにインストールした方が良いのでしょうか？
それとも、別にあるUSB、SSD、HDDにインストールして問題なく使えますか？

調べてみると16GBでもUbuntuなら問題なく入るとの事ですが、
色々なソフトもインストールするとなると簡単に16GBを超えてしまいそうで。