Window 1にて
cd /home/kidotoyohiko/
mkdir a
touch a/a.txt

Window 2にて
cd /home/kidotoyohiko/a
ls
> a.txt
Window 1にて
rm /home/kidotoyohiko/a
mkdir a
touch a/a.txt
cd a
ls
> a.txt

Window 2にて
ls
>
cd .
ls
> a.txt

何でcd .したらlsでファイルが出てきたんですか？