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例えば件のKDEとGnome向けアプリの場合、どのあたりで
干渉したりループしたり、その解消の為にただ重ねたり互換を切ったり
って事が有りましたっけ?   

自分の記憶だとKDEが先に、そしてそれを追うようにGnomeの
開発が始まり、以降は互いに性能や機能の面で刺激を与え合う
ライバル関係ではあったけど、干渉とか重ねるとかマイナス面の
影響は殆ど感じたことが無いんですが。