Windows Serverは使ったこと無いけど
Windows Serverでshutdownコマンドを使う場合
コメントが必須なの?

コマンドにコメント機能があるのは知っているけど
Home Premiumとかだと、コメント無しで落とせるでしょ?

すべての停止にそれは含まれないの?

たとえば、不正アクセスによるロガー組み込みに伴う再起動とかに
GUI上の停止ツールしか使わせないという制限が可能なのかな?