類似の質問になりますが、

FLAC/m4a/AACからOgg Vorbisに変換する際に埋め込みカバーアートを保持してくれるコマンドラインツールを探しています。
oggencやffmpegだと、mediatagは維持してくれますが、カバーアートを失ってしまうので…

>>973
バッチ処理したいなら、taglib(とラッパー)使ってやろうとしていることに合わせて書いちゃうのも手。
libtag-rubyで書いたものを使っていますが、noddyでした。