Pythonのメインを切り替えてからpython-updaterだぞ?
# eselect python set python2.7
# python-updater
# emerge --verbose --depclean
うちでは何の問題もなくpython:2.7をメインに切り替えてpython:2.6も消せたよ。

でも、Main Active Pythonのバージョンになってるpythonも--depcleanで消えるとすれば、
いささか問題な仕様である気がするな。自分では試していないが、どうなんだろう。