>>171-172
サーバは自機で、ubuntu serverをセットアップしたほぼそのままです。
シェルスクリプト単体を一般ユーザおよびsudoで実行すると約1時間後に完了します。

>>173
なるほど。リソース制限はrlimitで行うのですね。
crontab に ulimit -a > limit を登録してチェックしてみたところほぼ無制限のようでした。
念のためgetrlimitして結果を出力するperlスクリプトを呼び出すshスクリプト（ややこしい…）
をcronに登録しても同様の結果が返って来ました。
http://codepad.org/FWs5tVVA

もう自分にはお手上げなので諦めます／(^o^)＼