HDDの精密検査については、そのうち試してみます。>>10

今やっているのは
(1) /var/lib/rpm を空にして rpm --initdb
(2) yum --downloadonly reinstall '*' でトリのパッケージをダウンロード
(3) rpm -ihv --nodeps --justdb で(2)のパッケージをインストール ←今ここ
(4) トリとは別にローカルインストールしたパッケージについて(3)と同じことをする

というものです。さあどうなるかな。