バックアップするための枚数を減らしたいのならtarで固めてsplitじゃまいか
あるいはバックアップ用のディレクトリをいくつか作っておいてメディア容量を
越えないようにディレクトリの中身を入れ替えてからバックアップする
バックアップ先の管理はGTKtalog等使えばいいじゃん