ここでもレジストリかｗ

> CCleanerとかでレジストリを綺麗にしたり、デフラグツールで最適化したりしても、
> ヌルヌル感はインストール直後ほどではない気がする。

少し考えれば、レジストリを最適化しても元に戻らない。
ゆえに、レジストリは遅くなる直接の原因ではない。と結論を導き出せるはずなんだけどねぇ（苦笑）

遅くなるのは起動するアプリが増えるからだよ。
パソコン起動時だけの話じゃなくて、アプリ起動したときとか、右クリックしたとき（の拡張メニュー）とか。
Linuxだって起動するサービス増やしたり、Firefoxのプラグインを増やしたら起動遅くなる。それと同じ。