今、ウインドウズ環境で、JAVAの簡単なwebアプリを組んでいます。
それが終わったら、リナックスで自鯖を立ててそのwebアプリを運用
しようと思っているんですけど、最初からリナックス機で開発しても
問題ないでしょうか？

鯖に使っているマシンで開発って大丈夫なのかな、と思ったので…。