とりあえず、ターミナルを立ち上げてみて、文字化けしているファイルのあるディレクトリーに移動し
以下のコマンドを実行してみてください

$ ls | iconv -f SJIS-WIN -t UTF-8

元の化けていないファイル名は表示される？されるなら、
おそらく、ファイル名がShift_JISのままだと思います（WinSCPとかが変な変換してなければ）。
iconv無かったらapt-getしてきてね。