給与総額を固定して、割増賃金分は残業手当として支払い、固定した給与総額を超えた分を有休消化で調整する方法ってどうなんでしょう。
有休自体はこの調整のためなら上限なく使えます。

社労士変えたいと来た新規のお客さんが、前の社労士にこの方法でやってもらっていたと言います。
実際、持ってきた給与資料はそうなっています。

本人には同意の書面をもらっていて、毎月異論なしの受け取り印をもらっていると言います。。しかも有休は調整用で、本当に休んでいるのかも怪しい感じでした。

こんな事例ありますか？
私は初めてでビックリしました。