基本、違法建築だろうが何だろうが権利の客体である不動産を公示するのが表示に関する登記の意義。
なので調整区域にある建物を登記すべきか否かなんて議論は不毛。
どんな場所であろうと、登記し得る建物があるなら登記する義務がある。