＞でもセーブポイントに入るか、次の会話イベント（っぽいの）やる前に
＞飛ばした部屋戻ると結局装備盗られる

↑この記述が原因だな。
セーブポイントに入る前、もしくは、次の会話イベント（っぽいの）をやる前に
死神イベントが起こる部屋に戻ると結局装備盗られる。

これでどうかな？つまり、セーブもしくは次の会話で装備取られフラグが消える、と。