GIFはJPEGみたいな劣化はしなかったはず。
ただ256色のインデックスカラーで透明に指定できるのは1色だけ。
だからフルカラーでアンチエイリアスを効かせた透過画像をGIFに変換すると半透明だった色が透過しなくなるので境目がおかしなことになります。
もちろんフルカラーが256になるのでそういった意味でも劣化する。
あとアニメーションGIFは1コマ毎にカラーパレットが違う場合もあるのでそういった画像はCF2.5で取り込むとえらいことになります。
アンチエイリアス効かせた透過画像はPNGで保存すれば透過情報はきっちり保存されます。

「GIF JPEG PNG 違い」辺りでググればいろいろ解説サイト見つかるからおすすめ。