コライダー２つ付けて形整えたりするのは3Dでは常套なやり方だけどね。
4つとか5つとか付けたりするのでそういう複数当たりの処理は当たり前で
Update()で遅延処理するのが普通。
「一個のはずのもの」が二個以上にわかれているからそうなる訳で
ある衝突とある衝突が「同じものである」と評価するためには
「何かを記憶して置くしかない」