・アルファ=0.0は非表示じゃない
・多くのシェーダではピクセルの書き込みをスキップするのでその分軽いだけ
・GameObjectごと非Activeにするか、renderer.enable=false; で
　描画処理自体をスキップさせるのが正解

これ、仕事でアプリ作ってる人でも理解して無い人がいて結構怖い