一部だけUV展開してるように見えても実際は全部の頂点が展開されたUVと同じ情報を
持ってるから展開してあるかとか重なりはあんまり関係なくてマテリアルと
関連付けられてるUVをどう使うかで変わってくる。

しかしスケルタルメッシュだと動くからライトマップはいらないんじゃね？
ちなみに俺はライトマップが必要なオブジェクトは毎回手作業で展開してる。
UV減らすためにその一部か全部をテクスチャ用に流用することもあるし。