>>45
InstantiateされたGameObjectはまずAwakeが実行される
んでもって実行Queueに並んだ後Instantiateした方のスクリプトに制御が戻り、その後Start,Updateの順にQueueで処理される。
Awakeで何かしているか、Instantiateした方のスクリプトで
GameObject go = Instantiate(prefab, new Vector3(0, 3, 0), Quaternion.identity) as GameObject;
go.transform.parent = hogehoge.transform;
みたいに親オブジェクトかなにか指定してるとAwakeで何かやってる時に不都合が起きてるかも。

実行順序に気をつけて自分のコード見なおしてみたら？
あとAwakeとかStartとかUpdateは実行オーダー(Edit->Project Setting->Script Execution Orderメニュー)の順になるので、ここで何か特殊な指定してると厭なことが起こるかも