小さめのキャラを動かせるゲームを作りたいのですが
オススメの3Dグラフィック制作のツールを教えてもらえないでしょうか

理想例としてはFEの蒼炎の軌跡のMAP(↓のURL)のような感じです
http://www.nintendo.co.jp/ngc/gfej/sshot/ss/map_05.html