これがプレイヤーにつけるスクリプトだと仮定して

ゲームクリアはプレイヤーにつけた変数や関数で
判定すべきなのだろうか、
それはOnGUI()でやるべきことなのだろうか、
あとそのやり方だと同じポイントに何度も触れただけで
回数をこなせばそれでクリアにならないだろうか、

という話を別にすればクリアーフラグを使って
モーションを分岐させればいいんじゃね？
function Update(){
if(cleared==false){
animation.Play("Mot_run");
}
else animation.Play("Mot_ide");
}