こんなところか?
jsは普段使ってないのでどうもよくわからなくなる

#pragma strict

var jumpflg=false;

function Update () {
if(jumpflg==false){
animation.Play("Mot_run");

if(Input.GetButtonDown("Jump")){
jumpflg=true;
StartCoroutine("Jumping");
}
}
}
function Jumping(){
animation.Play("Mot_jump");
yield WaitForSeconds(1.0);
jumpflg=false;
}

ボタンダウンの名前はJumpかjumpかは環境によるからあれかも