>>779
.metaが管理してるのはファイルに対して付与されたUUIDなんよ、でUUIDの特性上別のマシンで同じIDが当たる事はないわけ。
なのでVCSでよそで追加されたファイルやオブジェクトとの連携を管理するために外部に.metaファイルを持たないと行けない。
Unityの階層表示の中に生成されたGameObjectだけならともかくそれらをPrefabとして外部化すると階層の内側が迷子になる。

779はコードだけ使っているからそのような感想を持つかもしれないけど、それではUnityを使う意味は簡易に使えるSDKレベルになってしまうんよ。