duplicateは純粋なコピー。
コピーされたものに対する変更(大きさなど)はコピー元には影響を与えない。
逆もしかり、コピー元に変更があってもコピー品には影響がない。

prefabは自動アップグレード付きコピー製造工場。
prefabで作成されたオブジェクトはduplicateによるコピー品と似ているが
prefabに変更があると
そのprefabから作られたオブジェクトすべてに反映される点が違う。

たとえばTaiyakiPrefabのアンコの量を10に増やすと
TaiyakiPrefabから作られたTaiyakiオブジェクトはすべてアンコ10になる。
あるTaiyakiオブジェクトに与えた変更を逆にprefabに反映させることもできる。

duplicateにはこの情報の共有がない。