piyo.Set(1,2,3);
と
piyo = new Vector3(1,2,3);
それぞれ
500万回実行
俺の環境でそれぞれ
69ms
82ms
何度か回したが
大体1.18倍程度かなあ
参考まで。

ちなみに時間計測にはStopwatchクラスを使用。