>変数内の数値ってフレームが切り替わっても、リセットされないようにするにはどうしたらいいですか？
グローバル変数ならフレームをまたいで値を保持できる。

>また、一定の時間おきに、フェードインで敵を表示したいのですが、条件をつけると何故か一瞬で敵が表示されてしまいます。
フェードインはオブジェクト作成時、フェードアウトはオブジェクト破壊時にのみ効果が現れる。
既に作成済みのオブジェクトに効果はでない。表示、非表示はオブジェクトを作成、破壊しているわけではないので。
一定時間ごとにフェードイン効果で表示したいならオブジェクト作成しないと駄目。