一例としてこんなんで

*define
game
*start
mov %0,1;ボタン１を有効化
mov %1,0;ボタン２を無効化

;スプライト読み込み
lsp 100,":c/3,0,3;btn.bmp",10,0
lsp 101,":c/3,0,3;btn.bmp",10,40

;ボタン処理スタート
*btn_loop
btndef clear
;とりあえず全部無効化の表示にしておく
cell 100,2
cell 101,2
;有効なボタンだけボタン設定していく
if %0 == 1 spbtn 100,100
if %1 == 1 spbtn 101,101
btnwait %10
if %10 <=0 goto *btn_loop
itoa $10,%10
mesbox "ボタン番号："+$10,"ボタンが押されました"
end

好みの問題だけれど、フラグが立っている時(1又は0以外)ボタン有効で
フラグが立っていない時(0の時)ボタン無効化のほうがしっくりくると思う