公式の「NSLua解説１〜２.txt」を読んでいるという前提で説明してみます

function NSCOM_loop()
while true do
if NSDoEvents() == true then return end
end
end

のような無限ループ(または重い処理)を実行させても、
ウィンドウの閉じるボタンでいつでもNスクを終了できます
if文の一行をコメントアウトしてみると、違いがよく分かると思います