透明画像も同じように負担かかると思います

大雑把に言って、
ファイルサイズを小さくすると、読み込む速度を稼げます(lsp命令とか)
使用するスプライトの枚数を減らすと、処理の速度を稼げます(vsp命令とか)

画像の大きさ自体は、それほど負荷に影響ないと思います
例外的に、テキストウィンドウは小さいほうがメリットあると思います