Sync MonoDevelop Projectでした。
出力された後に書き換えるのではなくて、
csprojファイルが出力された時点でカスタマイズしたいのです。
実は一度書き換えたら、Sync MonoDevelop ProjectしてもDefineConstantsは書き換えたまま
とかでもいいんですけど、たまに元に戻ってコンパイルエラーとかは避けたいな。
と思ってます。