dedpさんこんばんは。
マップチップありがとうございます。
今はRPGツクールの使い方を思い出しているという(酷いw)段階なのでしばらくお待ちください。

4ですが、たぶんdedpさんのほうがツクール使い慣れていると思いますが、一応自分の考えを載せておくと
透明色の定義がおかしいか、ピクチャーの表示位置が下層扱いになっているのではないか?と思います。
どういう場面で使っているのかわからないので、まったく的はずれかもしれません…

あと自分の世界ですが、エンコ殺しの床を透明にしてみました。
空を歩いているようでこっちのほうが気持ち良いはず。