検証してみた。
・オレンジの敵の変数が0になる条件行のイベントに 弾破壊と一緒に「弾の内部フラグを有効に」を足す。
・弾の上方向発射イベントは下記↓に引越しする。

↑上記の行より
下の条件行で：弾の内部フラグ有効時に 上に弾を発射するようにする → 実行される。
上の条件行で：弾の内部フラグ有効時に 上に弾を発射するようにする → 実行されない。

推測だが、たぶんタイムラグっていうより
・破壊イベントそのものは全条件行の最後に実行される。
・次のループ（1行目の条件行）に移ると破壊が完了していて何も実行できなくなる。