じゃあそれは吉里吉里本体は問題ない。

KAGも新しい 3.3 とかなら

var saveDataLocation = System.dataPath; // セーブデータ保存場所

となってるはずだ。これはいじる必要はない。
krkrconf.exe で実行ファイルを指定して、システム全般/データ保存場所 を適切に指定した
cf ファイルをつくれば、それに従って動作することになる