文脈から察するに背景というよりも地形の処理なんじゃないかと
そのままの当たり判定というのがどこまでを指すのかわからないけど
地形画像にあわせた当たり判定を自分で作るなら可能だけどかなり大変。
オブジェクトで判断するのがいいんじゃないかなあ

RoomEditorでオブジェクトを置くときのdelete underlyingのチェックをはずせば重ね置きできるよ
インスタンスを作る順番で見えなくなるんだったら地形部分のdepthをかえればいいかも