それはScreenFlipの仕様。VSyncがくるまで待機するんだが、その待機時間もCPU使用率に含まれる。(実質アイドリングループなのだが)
CPUが100％になるのがいやならVsync待ちを切ればいい。(ティアリングが発生するし、ゲームの速度も変わってしまう)

正しい設計はVsync待ちは有効で、なおかつFPS管理をし60fpsになるようにフレーム毎に適度にsleepを入れること。