結局なにを聞きたいのかよくわからんが
単純な方法だと
まず本体となるXファイルを読み込む
これは基本となるボーン構造をもっていて
パーツ＝メッシュコンテナになるように複数のMeshをもったXファイルにしておく

そしてパーツ用のXファイルを別に読み込み
本体の入れ替えたいパーツのメッシュコンテナのアドレスを
新たに読み込んだパーツのメッシュコンテナのアドレスを入れ替える
あとは本体のボーンとメッシュコンテナの関連付けを再度行えば良い