スクリプトの「背景」にフリースクロールフラグが付いてたら
ステージの冒頭からじゃなくて中盤からフリースクロールできる面を作りたい。

文章では表現出来ないが、
グラディウスの2面、3面とグラUの1面、2面、5面、6面はこんな感じでしょう。
冒頭(空中戦エリアで強制横スクロール)→中盤(地形エリアでフリースクロールができる。)→末尾(ボス戦でスクロール停止)