まず前提として、2000は戦闘中にコモンイベントの呼び出しは出来ない。

変身前・後の二種類のキャラクターを用意する。
→スイッチ技「変身」を変身前のキャラのみに覚えさせ、使用可能な場面をバトルのみ。（ONにするスイッチ「Ａ」）
→バトルイベントで「開始条件　スイッチ『Ａ』」がON」にして、
　メンバーの入れ替えで変身前のキャラを外し、変身後のキャラを入れる。（戦闘アニメを表示したい場合は、このイベントに挿入）
　レベルを前後で揃えるには、変数Aに変身前キャラのレベルを「代入」して1を「減算」
　変身後のキャラに「レベルの増減　レベルを49下げる→レベルを『変数A』上げる」


変身解除や装備品についてはどうしたいのか分からないから、とりあえずキャラ変更とレベル揃えのやり方だけ。
ただこれを二人以上のPTでやると隊列が変わるから、そこに拘るのならばもうちょっと複雑になる。