RPGツクール2000フォルダ直下にゲームファイルがあるならば

・ツクール2000のショートカット（プログラム　から開くものでもデスクトップにあるショートカットでもいい
　を[右クリック]→[プロパティ]でショートカットのプロパティを開く
・出てきたプロパティ画面の中に[リンク先を探す]ボタンがあるからクリックする
・そしたら、作ってたゲームのフォルダがある所を開けるはず

そこに無いのであれば、僕にはわらん。
>>228氏の言う理由も考えられるかも。